重庆个人缴纳职工医保一档和二档存在以下区别：
个人账户方面
一档参保人员没有个人账户；二档参保人员有个人账户，且以个人身份参加职工医保二档的参保人员个人账户划入标准如下 ：
年龄段划入标准35岁以下按本人医疗保险缴费基数的3.3%划入35岁至44岁按本人医疗保险缴费基数的3.5%划入45岁以上按本人医疗保险缴费基数的3.7%划入退休人员（缴费期内）按本人医疗保险缴费基数的4%划入退休人员（缴费期满后）按上年度社平工资的60%的4%划入
特病门诊报销病种方面
- 一档特病门诊种类：恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗；肾功能衰竭病人的透析治疗；肾移植术后抗排异治疗；血友病 。
- 二档特病门诊种类：肾脏、肝脏、心脏瓣膜、造血干细胞移植术后的抗排异治疗；糖尿病I型、Ⅱ型；系统性红斑狼疮；高血压病（1级高血压中高危和很高危、2级高血压、3级高血压）；冠心病；风湿性心瓣膜病；脑血管意外后遗症（脑梗死、脑出血蛛网膜下腔出血后遗症）；支气管哮喘、慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿、慢性肺源性心脏病；肝硬化（失代偿期）；再生障碍性贫血；精神分裂症、心境障碍（抑郁躁狂症）、偏执性精神障碍；结核病；血友病；重度前列腺增生（55岁以上）；类风湿性关节炎；帕金森病；肌萎缩侧索硬化症；骨髓增殖性疾病（真性红细胞增多症、原发性血小板增多症、原发性骨髓纤维化症）；慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染；肺移植术后的抗排异治疗 。
缴费金额方面
2025年重庆个人职工医保一档缴费标准为3075元/年·人，二档缴费标准为6765元/年·人 。
门诊报销方面
职工医保二档有个人账户，每个月个人账户都会有钱划入，可以直接用这个钱刷卡买药；一档没有个人账户用于门诊刷卡买药 。