大病二次报销不一定在医院直接报销，这取决于当地的医保政策和医院的相关规定。

在一些地区，已经实现了大病保险与基本医保的 “一站式” 结算。例如，合肥市规定参保人员在医保异地政策范围内按本市相应级别医疗机构医保支付标准执行，凭有效身份凭证在异地联网定点医疗机构进行住院、慢性病门诊、职工医保普通门诊医疗费用等直接结算。在这些地区，参保患者在出院时，医院会自动根据患者的费用情况和医保政策，对符合大病二次报销条件的费用进行结算，患者无需额外办理手续，只需支付个人应承担的部分费用即可。

在另外一些地区，大病二次报销可能需要参保人出院后，携带医保卡 / 新农合医疗证、身份证、医疗费用原始凭证、费用清单、就诊证明、病历本、出院小结等证明，前往当地医保机构或社保局申请报销。例如，北京市的城镇职工大病医疗保障二次报销，需要医保信息系统筛查统计出符合条件的参保职工信息，由区级医保经办机构通知职工所在单位，核实相关信息后，再由医保信息系统自动计算报销金额，通过银行打入职工参保时绑定的个人银行账户中，整个过程不需要职工本人申请和跑腿奔波。

所以，要确定大病二次报销是否可以在医院直接办理，建议提前咨询所在地的医保机构或医院，了解具体的报销流程和所需材料，以确保顺利办理二次报销。