呼伦贝尔市下辖的旗县包括：
市辖区
- 海拉尔区：呼伦贝尔市人民政府驻地，是呼伦贝尔市政治、经济、文化、医疗、教育、交通、信息、旅游中心3。
- 扎赉诺尔区：位于呼伦贝尔市西北部，临近中俄边境和中蒙边境8。
县级市
- 满洲里市：中国最大的陆运口岸城市，是国务院确定的国家重点开发开放试验区、边境旅游试验区8。
- 扎兰屯市：位于呼伦贝尔市南部，是呼伦贝尔市重要的交通枢纽和物流中心。
- 牙克石市：位于呼伦贝尔市中部，是呼伦贝尔市重要的工业基地。
- 根河市：位于呼伦贝尔市北部，是呼伦贝尔市重要的林业基地。
- 额尔古纳市：位于呼伦贝尔市西北部，是呼伦贝尔市重要的旅游城市。
旗
- 阿荣旗：位于大兴安岭东麓，是呼伦贝尔市重要的农业基地。
- 陈巴尔虎旗：位于呼伦贝尔市西北部，是呼伦贝尔市重要的畜牧业基地。
- 新巴尔虎左旗：位于呼伦贝尔市西南部，是呼伦贝尔市重要的边境地区。
- 新巴尔虎右旗：位于呼伦贝尔市西部，是呼伦贝尔市重要的边境地区。
自治旗
- 莫力达瓦达斡尔族自治旗：全国唯一的达斡尔族自治旗，是内蒙古自治区呼伦贝尔市下辖自治旗12。
- 鄂伦春自治旗：位于呼伦贝尔市东北部，是呼伦贝尔市重要的林业和农业基地。
- 鄂温克族自治旗：位于呼伦贝尔市中部，是呼伦贝尔市重要的畜牧业和农业基地。
这些旗县共同构成了呼伦贝尔市丰富的地理、文化和经济多样性。
