呼伦贝尔大草原上有许多河流，以下是一些比较知名的：
- 海拉尔河：是额尔古纳河的上游，在《辽史》中称之为凯里，《蒙古秘史》称之为合泐里，《元史》称之为海喇儿等。其支流众多，干支流两岸为原始森林和次生林，植被良好，涵养水分作用强，是海拉尔河主要产流区。
- 伊敏河：是海拉尔河一级支流，发源于大兴安岭蘑菇山北麓鄂温克族自治旗红花尔基镇东南部，自南向北流，纵贯鄂温克族自治旗，穿过海拉尔区城区，于海拉尔区城北汇入海拉尔河。
- 辉河：是伊敏河的支流，发源于大兴安岭山地，在草原上蜿蜒流淌，流域内水草丰美，是重要的牧场。
- 莫尔格勒河：有 “天下第一曲水” 之称誉，发源于大兴安岭西麓，流经呼伦贝尔大草原，注入呼和诺尔湖后流出，汇入海拉尔河。河流两岸水草丰美，是良好的天然牧场，也是众多游客和摄影爱好者的 “打卡地”。
- 克鲁伦河：发源于蒙古国的肯特山东麓，流经呼伦贝尔盟新巴尔虎右旗，东流注入呼伦湖。两岸沼泽湿地多，较高的阶地上生长着优良牧草，牧业发达，也被称为 “蒙古人母亲河”。
- 哈拉哈河：又名哈勒欣河，“哈拉哈” 蒙语为 “屏障” 之意，发源于大兴安岭南部吉里革先山西麓的达尔滨湖，是中蒙界河。
- 乌尔逊河：发源于贝尔湖北岸，自南向北流入呼伦湖，位于呼伦贝尔市新巴尔虎右旗和新巴尔虎左旗交界处。河流两岸地形平坦，河漫滩上苇柳丛生，湿地较多，河两岸牧业发达。
- 额尔古纳河：是中国与俄罗斯的界河，由额尔古纳河干流、上源海拉尔河以及支流哈拉哈河、乌尔逊河、克鲁伦河、根河、得尔布干河、激流河等组成。额尔古纳河右岸为大兴安岭原始森林，是蒙古族等众多游猎民族发祥地，是一代天骄成吉思汗的故乡。
