低保户住院新农合报销比例因地区和具体情况而有所不同，但总体上遵循“先保险，后救助”的原则。以下是一些具体的报销比例和流程：

1. 1.基本报销比例：镇卫生院：报销60%二级医院：报销40%三级医院：报销30%
2. 2.低保救助：在新农合报销后，低保户还可以申请医疗救助，通常可以再报销60%的自费部分
3. 3.特殊情况的报销比例：门诊报销：村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%；镇卫生院就诊报销40%；二级医院就诊报销30%；三级医院就诊报销20%手术费：1000元以内按照国家标准报销，超过1000元的部分按照1000元报销老年人报销：60岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元
4. 4.报销流程：申请：符合条件的低收入居民应以家庭为单位，由户主到户籍所在地社区居委会或村委会申请享受相关救助，并出具户口本、收入证明等材料。审核：社区、居（村）委会经办人员协助对申请对象资格作初审、评议、公示等；街道、乡镇社保所负责对申请对象入户调查、审核资格等。审批：区县民政局对符合临时救助条件的家庭，应当在接到审批材料30日之内办结审批手续；不符合条件的应在30日之内书面通知申请人并说明理由。

低保户住院新农合报销比例根据医院级别和具体情况有所不同，但总体上可以达到较高的报销比例，并且在基本医疗保险报销后，还可以申请医疗救助以进一步减轻经济负担。