以下是广西北海可治疗消化不良的医院：

• 北海市人民医院：是一所三级甲等综合医院，开设有消化内科，拥有专业的医疗团队和先进的诊疗设备，如奥林巴斯电子胃肠镜、十二指肠镜等，能为消化不良患者提供精准诊疗。科室还开展多项新技术，如消化道早癌的早诊早治、内镜下粘膜切除术（ESD）等，在消化系统疾病的诊断和治疗方面有着丰富的经验和较高的水平。
• 北海市中医医院：作为三级甲等中医医院，其脾胃病科（消化内科）是广西壮族自治区中医药管理局重点专科，是广西脾胃病专科联盟成员单位、广西消化内科专科联盟成员单位。运用中西医结合治疗消化系统疾病，如功能性胃肠病、胃食管反流病等，采用穴位贴敷、耳豆压穴等多种中医特色综合疗法，对消化系统疾病的防治及愈后调养有良好疗效。
• 北海市第二人民医院：是国家综合性公立医院，下辖多个院区，按三级综合医院规模建设。医院设临床业务科室 30 余个，正在筹建重症医学科、核医学科和肿瘤科，常规开展消化内科 “3E” 诊疗技术，具备一定的消化疾病诊疗能力。

北海市妇幼保健院对于小儿消化不良的治疗有一定的专科优势，合浦县人民医院作为三级公立综合医院，也能为消化不良患者提供相应的医疗服务。