麒麟区人民医院的科室众多，主要包括临床科室、医技科室以及行政后勤科室，具体如下：
- 临床科室
- 内科系统：设有内一科、内二科、内三科、心血管内科、内分泌科、呼吸与危重症医学科、消化内科、血液内科、肾内科、神经内科、老年医学科、全科医学科等，可诊治各类内科疾病。
- 外科系统：包括外一科、外三科、普外科、骨一科、骨二科、泌尿外科、烧伤科、胸外科、甲状腺乳腺外科、肝胆外科、胃肠外科、神经外科、血管外科等，开展多种外科手术及治疗。
- 妇产科：涵盖妇科、产科、计划生育科，提供妇科疾病诊治、孕期保健、分娩及计划生育相关服务。
- 儿科：可诊治小儿内科疾病、新生儿疾病，还开展小儿智力残疾评定等业务。
- 其他：还有口腔科、五官科、眼科、耳鼻咽喉科、中医科、康复医学科、急诊科、重症医学科等科室，提供相应专科医疗服务。
- 医技科室：有功能科、检验科、病理科、放射科、超声医学科、医学检验科等，为临床诊断和治疗提供技术支持。
- 行政后勤科室：包含行政办、医务科、科教科、护理部、纪检监察室、财务科、社保价格科、总务科、供应室、保卫科、人事科、药剂科、设备科、信息科、党办、工会、质控科、公共卫生科、感控科、门诊部等，负责医院的行政管理和后勤保障工作。