新生儿农村合作医疗报销流程可分为以下步骤，综合多个权威信息源整理如下：

一、参保登记

1. 户籍登记与参保办理

   • 新生儿需完成户籍登记，携带户口簿、出生证到户籍所在地乡镇（街道）办理城乡居民医保参保登记。

   • 完成参保登记后，需缴费并等待制卡中心办理医保卡（户籍登记满15天后办理）。

2. 特殊情况处理

   • 若新生儿未及时参保，需在出生后3个月内补缴，次月即可享受报销待遇。

二、医疗费用报销

1. 直接结算流程

   • 在定点医疗机构就医时，持医保卡直接结算报销部分费用，自付部分由患者支付。

   • 住院报销需提供住院通知单、费用明细清单、出院小结等材料。

2. 异地就医备案与报销

   • 转诊就医 ：需先由转出医院开具转诊证明，通过智慧人社APP备案后，在市外指定医院直接结算。

   • 异地急诊 ：突发疾病可在3日内联系参保地医保局备案，直接报销。

   • 常住异地人员 ：子女就医需提前备案，流程与异地急诊类似。

三、报销比例与材料

1. 报销比例

   • 通常为50%-70%，具体比例因地区政策而异。

   • 异地就医报销比例可能降低10%-25%，未备案则比例更低。

2. 所需材料

   • 门诊报销 ：户口本、家长身份证、门诊发票、合作医疗证。

   • 住院报销 ：诊断证明、住院通知单、费用明细清单、出院小结等。

   • 特殊群体 ：农村低保、五保供养等对象可申请医疗救助补助。

四、其他注意事项

1. 时间节点 ：新生儿出生后3个月内参保可报销出生前医疗费用，超过3个月需次月参保。

2. 材料审核 ：提交虚假材料可能导致报销失败，建议提前咨询当地医保部门。

3. 政策差异 ：具体报销比例、起付线等以参保地最新政策为准，建议办理前电话咨询。

以上流程综合了不同地区的政策要求，实际操作中可能因地区差异略有不同。建议参保前通过当地医保部门或官方APP确认具体流程及材料要求。