新农合对住院费用超过5万元的部分，报销比例需结合基础报销和大病二次报销政策综合计算，具体如下：

一、基础报销比例（按医院级别）

1. ‌乡镇级医院‌

   • 起付线：200元
   • 报销比例：85%
   • 5万元总费用实际报销额约4.25万元‌

2. ‌县级医院‌

   • 起付线：500元
   • 报销比例：70%
   • 5万元总费用实际报销额约3.5万元‌

3. ‌市级医院‌

   • 起付线：700元
   • 报销比例：55%
   • 5万元总费用实际报销额约2.75万元‌

4. ‌省级或外地医院‌

   • 起付线：1000元
   • 报销比例：40%-50%
   • 5万元总费用实际报销额约2万-2.5万元‌

二、大病二次报销比例（超过5万元部分）

若全年累计医疗费用超过5万元，超出部分可申请大病保险二次报销，规则如下：

1. ‌起付线‌：上一年度全市农村居民年人均纯收入（具体金额因地而异）‌
2. ‌分段补偿‌：
   • 起付线以上至5万元部分：补偿50%
   • 超过5万元部分：补偿60%‌
3. ‌自付费用二次报销‌：
   • 6-10万元：报销60%
   • 10-15万元：报销65%
   • 超过15万元：报销70%‌

三、综合示例

假设在‌省级医院‌住院总费用为10万元：

1. ‌基础报销‌：
   • 起付线1000元，报销比例50%
   • 报销额 =（10万 - 1000元）×50% = 4.95万元‌
2. ‌自付部分‌：10万 - 4.95万 = 5.05万元
3. ‌大病二次报销‌：
   • 起付线以上至5万元部分（假设起付线为1万元）：
     （5万 - 1万）×50% = 2万元
   • 超过5万元部分：0.05万 ×60% = 0.03万元
   • 二次报销总额：2万 + 0.03万 = 2.03万元‌
4. ‌最终自费金额‌：5.05万 - 2.03万 ≈ 3.02万元

四、其他影响因素

• ‌医院级别‌：级别越高，起付线越高，基础报销比例越低‌
• ‌门诊报销‌：部分门诊费用可报销，如乡镇级门诊补偿达65%‌
• ‌特殊疾病‌：儿童大病或特定疾病（如肿瘤）可享70%定额补偿‌

以上报销规则需以当地政策为准，建议就医前咨询当地医保部门。