南京职工医保住院报销流程如下：

1. 住院登记

• 办理地点：参保人需在医保定点医疗机构办理住院登记手续。
• 所需材料：
  • 住院审批单
  • 门诊病历
  • 身份证
  • 双处方本
  • 身份证复印件（带照片一页）

2. 费用结算

• 已联网的医院：
  • 职工个人先垫付住院押金。
  • 出院时，由医院微机结算费用，职工只需缴纳个人应负担部分的医疗费用
• 未联网的医院：
  • 职工个人全额结算住院医疗费用。
  • 每季度末由单位统一到医疗保险经办机构报销

3. 报销比例

• 起付标准：
  • 一级医院：300元
  • 二级医院：500元
  • 三级医院：1000元。
• 报销比例：
  • 起付线至18万元：
    • 一级医院：97%
    • 二级医院：95%
    • 三级医院：90%。
  • 18万元至60万元：不分医院等级，均为95%。
  • 超过60万元：由大病医疗救助基金支付，支付比例为95%，无支付上限。

4. 大病医疗救助

• 待遇标准：一个自然年度内，职工医保统筹基金最高支付限额为60万元。超过18万元至60万元的部分，住院支付比例为95%；超过60万元的部分，由大病医疗救助基金继续支付，支付比例为95%，无支付上限。

5. 大病保险

• 待遇标准：在一个自然年度内，参保人员发生的基本医疗保险支付范围内的住院和门诊特殊病的医疗费用，在享受基本医疗保险待遇基础上，个人自付费用超过1.5万元以上部分，由大病保险按比例支付，无支付上限。

6. 报销材料

• 住院报销：
  • 发票原件
  • 住院明细清单原件
  • 出院记录原件及复印件
  • 疾病诊断书

7. 注意事项

• 未办理住院登记手续前：发生的医疗费用不纳入基本医疗保险支付范围
• 急诊住院：未能及时办理住院登记手续的，应在入院后次日凭急诊证明到医疗保险管理窗口补办手续（如遇节假日顺延），超过时限的医疗费用自负
• 转院：需经三级以上定点医疗机构副主任医师或科主任诊断后提出转诊（院）意见，由所在单位填报申请表，经定点医疗机构医疗保险管理部门审核同意报市（区）社保机构批准后办理转诊（院）手续

8. 报销流程

1. 1.申请材料递交：申请人或用人单位经办人员递交申请材料。
2. 2.受理审核：医疗保险经办机构受理并审核申请材料。
3. 3.打印登记表：打印《南京市城镇职工基本医疗保险零星报销登记表》反馈申请人。
4. 4.完成报销：反馈申请人、用人单位经办人员，完成报销

通过以上步骤，参保人员可以顺利完成南京职工医保住院报销。