国内在免疫系统疾病（风湿免疫科）领域具有领先地位的医院如下：
一、顶尖权威医院
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北京协和医院
- 连续多年位列复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿病学科第一名，年门诊量超15万人次，90%以上为外地患者，是全国公认的「疑难危重风湿病诊治中心」。
- 优势领域：系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等常见病及罕见病的综合诊治。
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北京大学人民医院
- 国家临床重点学科，在类风湿关节炎、系统性红斑狼疮的诊疗及研究方面处于国际前沿，开设16个专病门诊（如痛风、白塞病等）。
- 依托北京市风湿病重点实验室，牵头多项国际诊疗标准制定。
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上海交通大学医学院附属仁济医院
- 全国重点专科，年门诊量近20万人次，连续五年为国内门诊量最大的风湿病科室。
- 在系统性红斑狼疮、白塞病的死亡率控制及生活质量提升方面成果显著。
二、其他知名医院
- 南京鼓楼医院：诊疗技术国际领先，擅长红斑狼疮、类风湿关节炎等疾病的精准治疗。
- 中日友好医院：国家风湿免疫病临床重点专科，擅长多发性肌炎/皮肌炎及疑难风湿病。
- 北京大学第三医院：综合实力强，风湿免疫科依托医院科研平台开展前沿诊疗。
- 北京儿童医院：专注于儿童风湿免疫疾病，如幼年特发性关节炎、系统性红斑狼疮等。
三、区域推荐
- 华北地区：首都医科大学附属北京朝阳医院（类风湿关节炎、血管炎）、宣武医院（老年风湿病及骨关节病）。
- 华东地区：上海瑞金医院（依托综合实力处理疑难病例）、复旦大学附属华山医院（免疫科综合诊疗）。
- 华南地区：中山大学附属第三医院（国内最早风湿免疫专科之一，技术先进）。
以上医院在科研能力、临床经验及疑难病诊治方面均处于国内领先地位，建议根据地域和疾病类型选择就诊。