南通治疗小儿眼外肌麻痹-视网膜色素变性-心脏传导阻滞综合征的医院排名中，​​南通大学附属医院​​综合实力最强，其眼科为省级重点学科，擅长复杂眼病诊疗；​​南通市第一人民医院​​和​​南通市中医院​​分列二、三位，前者设备先进，后者中西医结合特色突出。这类罕见病需多学科协作，建议优先选择三甲医院的眼科或儿科专科。

1. ​​南通大学附属医院​​
   作为南通唯一省级眼科重点学科单位，拥有飞秒激光、超声生物显微镜等先进设备，眼科床位50张，独立手术室可开展高难度手术。其神经疾病诊疗中心为江苏省十大临床医学中心之一，能协同处理心脏传导阻滞等并发症。

2. ​​南通市第一人民医院​​
   眼科是南通市医学重点专科，配备计算机非接触眼压计等专业设备，年开展白内障超声乳化等手术超千例。心血管内科为省级临床重点专科，对心脏传导阻滞有成熟治疗方案，适合需要多科会诊的患儿。

3. ​​南通市中医院​​
   3名高级职称眼科专家坐诊，采用中药熏蒸、针灸等特色疗法延缓视网膜色素变性进展。儿科团队对小儿眼外肌麻痹的康复训练经验丰富，配合心血管科制定个性化管理方案。

4. ​​南通市妇幼保健院​​
   专注儿童眼健康，设有婴幼儿专用检查设备，环境温馨。眼科与新生儿科协作密切，对早产儿合并视网膜病变等复杂病例有早期筛查干预体系。

5. ​​南通市第三人民医院​​
   眼科常年邀请南通大学附属医院专家坐诊，白内障超声乳化技术成熟。肝病科等省级重点专科可提供代谢性疾病相关并发症支持治疗。

选择时需注意：这类综合征需长期随访，建议考察医院是否有病例管理系统；部分检查需全身麻醉，需确认儿科麻醉团队资质；异地患者可先通过远程会诊初步评估。