首都医科大学附属北京同仁医院的崇文门院区和亦庄院区各有优势，难以简单地评判哪个更好，以下是两个院区的一些情况对比：
- 科室设置
- 崇文门院区：作为主院区，历史悠久，科室设置齐全，医疗资源集中。眼科是重点科室，拥有多个专科门诊，包括眼底科、青光眼科、白内障中心、屈光手术中心、斜视与小儿眼科、低视力科等。还有 VIP 治疗中心和眼库，适合复杂和疑难病例的治疗以及有高端医疗服务需求的患者。
- 亦庄院区：以特色专科和综合服务为主，实现了全学科覆盖，涵盖眼科、耳鼻咽喉头颈外科、变态反应（鼻过敏）科等国家重点学科，还设置了外科系统、内科系统、心血管中心、妇产科、儿科、皮肤性病科、口腔科、麻醉科、急诊科、ICU、感染科等综合学科。为新生儿、孕产妇、心血管疾病等重点人群设立了绿色通道，建立了多学科群体伤救治绿色通道。
- 专家资源
- 崇文门院区：知名专家众多，一些在眼科、耳鼻喉科等领域颇具权威的专家常在东区出诊，如白内障方面的宋旭东主任，小儿斜视的付晶主任，耳鼻喉头颈外科的李永新主任等。
- 亦庄院区：也有不少专家出诊，并且很多专家是在两个院区都出诊。不过整体而言，崇文门院区由于是老院区，在一些传统优势科室的专家资源相对更为集中。
- 就诊环境
- 崇文门院区：是老院区，建筑和设施相对陈旧，空间可能较为拥挤，尤其是在就诊高峰期，患者较多，可能会给人一种较为嘈杂和拥挤的感觉。
- 亦庄院区：相对较新，环境更加宽松、舒适，空间开阔，布局合理，能为患者提供较好的就诊体验。
- 挂号难度
- 崇文门院区：由于是主院区，且有很多知名专家在此出诊，所以挂号难度相对较大，尤其是一些热门科室和专家的号源往往比较紧张。
- 亦庄院区：挂号相对轻松一些，特别是一些眼科专家的门诊，预约较为容易，对于那些不急于就诊或希望避开人群的患者来说，是一个不错的选择。
- 地理位置
- 崇文门院区：位于北京市东城区，交通便利，周边配套设施完善，靠近市中心，对于居住在市区以及外地来京就医的患者来说，在交通、住宿等方面可能更加方便。
- 亦庄院区：位于北京市大兴区经济技术开发区，对于居住在亦庄及周边地区的患者来说，就医十分便捷，能节省不少时间和交通成本。
如果需要全面的眼科医疗服务、治疗复杂和疑难的眼科疾病，或者有高端医疗服务需求，崇文门院区可能是更好的选择；如果居住在亦庄或周边地区，或者希望有一个相对宽松的就诊环境、更方便地挂到专家号，亦庄院区则更具优势。同时，两个院区的医资是一样的，很多专家会在两个院区轮流出诊。在实际就医时，可以根据自己的具体情况和需求来选择合适的院区。