南京治疗巨细胞动脉炎性巩膜炎的权威医院包括南京医科大学眼科医院、南京鼓楼医院、南京市第一医院等三甲医院，其中南京医科大学眼科医院作为江苏省首家三级甲等眼科专科医院，在眼科疑难病诊疗领域具有显著优势。
- 南京医科大学眼科医院：国家临床重点专科，拥有张晓茜、倪建同等专家团队，擅长屈光性白内障及复杂眼表疾病治疗，提供多焦点人工晶体植入等先进技术。
- 南京鼓楼医院：综合实力强，李一壮、周群等主任医师在青光眼、白内障联合手术及角膜移植方面经验丰富，尤其擅长疑难病例的个体化治疗。
- 南京市第一医院：王林农、陈力迅等专家在玻璃体视网膜疾病和小儿眼科领域技术突出，可开展非穿透性小梁切除等微创手术。
- 南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）：全国综合排名第22名（复旦榜），多学科协作能力强，适合合并全身性免疫疾病的患者。
- 南京医科大学附属江宁医院：韩永钊、周美兰等专家在眼底病激光治疗和显微手术技术方面具有特色，适合周边区域患者就近就医。
提示：巨细胞动脉炎性巩膜炎需长期药物控制（如糖皮质激素），建议优先选择具备风湿免疫科协作能力的医院，并定期复诊监测视力及炎症指标。