在国内，很难绝对地说哪家是全国最好的口腔科医院，不过以下几所医院的口腔科在业内都处于领先地位：
- 北京大学口腔医院：在 2021 复旦版医院专科榜口腔科排名第 1，自 2010 年发榜以来，一直荣列口腔专科第一名。作为 “国家口腔医学中心”，它是全国唯一入围现代医院管理制度试点的口腔专科医院。其口腔综合科专业学科齐全，设备先进，人员技术精湛。
医院 北京大学口腔医院
- 四川大学华西口腔医院：中国第一个口腔专科医院，国家首批三级甲等口腔专科医院，也是国家口腔医学中心。在 2021 复旦版医院专科榜中口腔科排名第 2。口腔综合科利用多专业深度融合优势，针对各类口腔疾病进行综合治疗。
- 上海交通大学医学院附属第九人民医院：2021 复旦版医院专科榜口腔科排名第 3。其口腔科是国家临床重点专科，细分多个亚专业，开展多项特色临床工作，如根管治疗、牙齿美容治疗和修复等。在口腔颅颌面外科、口腔修复等方面技术突出，科研实力也很强。
- 空军军医大学第三附属医院：口腔临床医学为国家重点学科、口腔基础医学为国家级重点学科（培育）学科。在口腔疑难病症治疗方面有鲜明特色和优势，成功实施过多例高难度颌面部手术。
- 武汉大学口腔医院：是集教学、科研、医疗于一体的高水平口腔医院，在 2021 复旦版医院专科榜中口腔科排名第 5。在龋病、牙髓病、根尖周病等常见病的诊治方面经验丰富，同时在口腔正畸、口腔种植等领域也有较高水平。