药店医保对账的流程和步骤如下：
一、基础数据收集
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医保结算资料整理
及时收集医保结算凭证（如发票、收据）、销售记录及库存变动数据，确保所有医保报销相关文件完整。
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系统数据录入
将患者医保信息、购药信息录入药店管理系统，并上传至医保系统进行审核。
二、数据核对与处理
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账目核对
对医保结算款项与实际销售进行比对，检查账目准确性和完整性，发现异常及时沟通解决。
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自动化处理
使用财务软件（如畅捷通）实现数据自动导入、整合及智能对账，减少人为错误。
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差异处理
通过系统匹配功能快速定位不符项，手动调整差异数据。
三、审核与归档
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内部审计
定期进行内部审计，确保对账流程合规，数据真实可靠。
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外部审计配合
接受医保部门或第三方审计机构检查，提供完整对账档案。
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档案管理
归档对账记录及原始凭证，建立长期保存机制。
四、结算与反馈
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医保款划拨
根据医保审核结果，接收医保报销款项并存入指定账户。
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患者通知
通知患者报销进度及自付金额，协助办理后续结算。
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系统对账
通过医保系统核对每日交易明细，确保数据一致。
注意事项
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合规性 ：严格遵循医保政策及财务规范，防止违规操作。
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工具支持 ：善用财务软件提升效率，如自动对账、数据分析等功能。
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风险防控 ：对异常交易及时预警，建立风险防控机制。
通过以上步骤，药店可确保医保对账的准确性、合规性及高效性，保障医保资金安全。