新疆治疗慢性进行性眼外肌麻痹的医院中，以下几家医院排名靠前：

新疆维吾尔自治区人民医院

• 医院简介：这是一家集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院，眼科实力雄厚，技术先进，设备齐全，临床经验丰富。
• 专家团队：拥有高水平的眼科专家团队，在处理复杂眼科疾病方面表现出色。

新疆医科大学第一附属医院（新医大一附院）

• 医院简介：作为国家第一个五年计划中的重点建设项目之一，已发展成为一所大型综合性研究型医院，眼科在白内障、青光眼等领域处于领先地位。
• 专家团队：具备丰富的角膜移植手术经验，并开展各类屈光不正矫正手术。

乌鲁木齐爱尔阿迪娅眼科医院

• 医院简介：在眼科诊疗技术、专家团队建设以及服务质量等方面表现出色，吸引了众多患者前来就诊。
• 特色服务：可能提供个性化的眼科诊疗方案，满足不同患者的需求。

乌鲁木齐光正眼科医院

• 医院简介：作为新疆地区眼科领域的标杆机构，汇聚了国内外知名专家，配备先进的诊疗设备，提供全方位的眼科服务。
• 诊疗环境：拥有明亮舒适的就诊环境和专业贴心的医疗团队。

这些医院在治疗慢性进行性眼外肌麻痹方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验，患者可以根据自身情况选择合适的医院进行治疗。