新疆治疗非典型分枝杆菌性巩膜炎的医院中，以下几家医院排名靠前：
克拉玛依市中心医院
- 医院简介：新疆克拉玛依市中心医院成立于1956年，1994年5月跨入国家“三级甲等”医院行列，是本市唯一一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的大型综合性“三级甲等”医院。
- 治疗优势：担负着克拉玛依市及周边地区300余万人口的疑难杂症及急危重症的救治及各项医疗卫生工作，拥有丰富的临床经验。
喀什地区第二人民医院
- 米尔沙力江·吾不力主任医师：擅长近视、远视、弱视治疗，熟练掌握青光眼、白内障等眼科常规手术，对屈光不正、眼睑疾病、结膜炎、角膜炎、玻璃体疾病和眼底疾病，有丰富的临床经验。
- 吐尔洪江·麦麦提主任医师、古扎丽努尔·吐拉克副主任医师、卡米力·努尔副主任医师：均擅长近视、远视、弱视治疗，熟练掌握青光眼、白内障等眼科常规手术，对屈光不正、眼睑疾病、结膜炎、角膜炎、玻璃体疾病和眼底疾病，有丰富的临床经验。
乌鲁木齐市第一人民医院
治疗优势：乌鲁木齐市第一人民医院是当地一所综合性的三级甲等医院，对于非典型分枝杆菌性巩膜炎的治疗有着丰富的经验。该医院拥有先进的医疗设备和专业的医疗团队，能够为患者提供高质量的诊疗服务。
新疆医科大学第一附属医院
治疗优势：新疆医科大学第一附属医院是集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院，在眼科疾病方面具有较高的诊治水平。医院拥有一支技术精湛的眼科专家团队，他们能够准确诊断并有效治疗各种眼部疾病，包括非典型分枝杆菌性巩膜炎。
新疆维吾尔自治区人民医院
治疗优势：新疆维吾尔自治区人民医院是一所三级甲等综合医院，其眼科中心在巩膜炎的诊治方面处于国内先进水平。该医院眼科设备齐全且医师经验丰富，可针对巩膜炎进行精准诊断及规范化管理。
以上信息仅供参考，具体排名可能会因时间变化或评价标准不同而有所变动。建议您在选择医院时，结合自己的实际情况和需求，进行详细的了解和咨询。