单纯疱疹病毒性巩膜炎的治疗需要综合考虑多种因素，包括医院的专业水平、医生的经验以及个人的具体病情。以下医院在治疗单纯疱疹病毒性巩膜炎方面具有较高的声誉和专业水平：
新疆维吾尔自治区人民医院
- 专家推荐：丁琳主任医师、徐晓燕主任医师、刘黎明主任医师等。
- 擅长领域：各种疑难眼病的诊断和治疗，如角膜炎、结膜炎、青光眼、白内障、葡萄膜炎、眼外伤、眼底病等，尤其擅长白内障摘除+人工晶体植入术。
新疆医科大学第一附属医院
专家推荐：未具体提及，但作为新疆医科大学直属医院，通常拥有强大的医疗团队和先进的医疗设备。
新疆医科大学第二附属医院
专家推荐：未具体提及，但同样作为新疆医科大学的附属医院，具备专业的眼科治疗能力。
新疆阿克苏地区第一人民医院
- 专家推荐：张红振主任医师、肖春住院医师。
- 擅长领域：白内障、青光眼、眼外伤、眼底病的诊断及治疗。
新疆喀什地区第二人民医院
- 专家推荐：米尔沙力江·吾不力主任医师、吐尔洪江·麦麦提主任医师、古扎丽努尔·吐拉克副主任医师、卡米力·努尔副主任医师。
- 擅长领域：近视、远视、弱视治疗，青光眼、白内障等眼科常规手术，以及结膜炎、角膜炎、玻璃体疾病和眼底疾病的诊治。
建议您根据个人实际情况和医院的专业水平选择合适的医院进行治疗。考虑到单纯疱疹病毒性巩膜炎的治疗需要专业医生的指导，建议您提前预约相关专家门诊，以便获得最佳的治疗效果。