在新疆铁门关地区，治疗真菌性巩膜炎较好的医院主要有以下几家：
新疆维吾尔自治区人民医院
- 医院等级：三甲综合医院
- 特色：集医疗、教学、科研、健康管理为一体的大型综合性医院。
- 专家推荐：丁琳主任医师，擅长各种疑难眼病的诊断和治疗，包括真菌性巩膜炎。
新疆医科大学第二附属医院
- 医院等级：三甲综合医院
- 特色：集医疗、教学、科研、康复、预防、保健于一体的省级综合型三级甲等医院。
- 专家推荐：
- 张金莎主任医师，擅长眼科各种病症的诊治，如视网膜病变、干眼症、交感性眼炎、夜盲症、弱视、散光、沙眼、白内障、糖尿病视网膜病变、结膜炎、老花眼、色盲、虹膜异色症、视网膜色素变性、视网膜中央动脉阻塞、眼外伤等疾病的诊治。
- 霍继光主任医师，擅长眼科各种疑难杂病的诊治。
- 朱英主任医师，擅长眼科各种常见病、多发病的诊治。
新疆医科大学第五附属医院
- 医院等级：三甲综合医院
- 特色：集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的综合性三级甲等医院。
铁门关市人民医院虽然是一所二级甲等综合医院，并且有河北医科大学的强力支持，但在治疗真菌性巩膜炎方面可能不如上述三甲医院专业。建议患者根据自身病情和医院的专业水平选择合适的医院进行治疗。