灵活就业社保逾期三个月的补缴方法如下：

1. 确定补缴时段和金额 ：

• 您需要明确自己需要补缴的社保时段和金额。这通常可以通过查询社保账户或者咨询当地社保机构得知。

2. 准备相关材料 ：

• 准备好身份证、社保卡、银行卡等相关材料。

3. 提交补缴申请 ：

• 携带好相关材料，前往当地的社保机构进行办理。在社保机构，需要填写一份社保补缴申请表，并提交相关材料。

4. 缴费 ：

• 社保机构会根据您填写的申请表和提交的材料，计算出需要补缴的社保费用。您可以通过以下方式完成缴费：

• 线上办理 ：可以通过微信或支付宝搜索“电子社保卡”小程序进行缴纳，或者使用“电子社保卡”app进行缴费。

• 线下办理 ：可至当地税务部门指定的银行网点选档、缴费或将钱款足额存入签订扣款协议的银行卡中等待批扣。

5. 办理补缴手续 ：

• 在补缴社保费用后，需要到社保部门或社保代理机构办理补缴手续。补缴手续一般包含填写补缴申请表、提供相关证明材料等。

6. 留意补缴期限 ：

• 社保费用逾期补缴的社会保险期限是有限制的。依据相关规定，灵活就业人员社保费用逾期不超过6个月的当月，可以正常办理补缴手续；假如逾期超过6个月，就需要依照规定受到相应的处罚。

建议：

• 尽快补缴 ：一旦发现社保逾期，应尽快补缴，以免影响社保权益。

• 咨询当地社保部门 ：由于各地政策有所不同，建议提前咨询当地社保部门，了解具体的补缴政策和流程，确保补缴过程顺畅无阻。

• 保留相关凭证 ：在补缴过程中，一定要保留好相关凭证，以备以后查询使用。