在新疆伊犁，治疗后部多形性角膜营养不良较好的选择包括伊犁哈萨克自治州友谊医院和伊犁哈萨克自治州奎屯医院，这两家医院凭借其专业的眼科团队和丰富的临床经验在该地区享有较高的声誉。

伊犁哈萨克自治州友谊医院眼科由一批具有丰富临床经验的主治医师以上职称的医务人员组成，他们熟悉眼科常见病、多发病及疑难病的诊治，尤其擅长处理如青光眼、白内障、眼底出血等复杂眼部疾病，并且在角膜疾病的治疗方面积累了大量的优质专家资源和临床诊疗经验。对于需要专业治疗后部多形性角膜营养不良的患者来说，这里是一个值得考虑的选择。

伊犁哈萨克自治州奎屯医院同样提供高水平的眼科服务，特别是在屈光不正、白内障、青光眼以及角膜炎等病症的治疗上有着显著的优势。这里的医生团队不仅具备扎实的专业知识，而且拥有处理复杂病例的实际操作能力，可以为患者提供个性化的治疗方案。奎屯医院还注重与患者的沟通，确保每位患者都能得到充分的理解和支持，这对于治疗过程中的心理支持尤为重要。

巩留县人民医院作为一家二级甲等综合医院，在眼科领域也有着不错的表现，尤其是针对眼部及其周围相关性疾病，包括角膜病变在内的多种眼疾都有一定的研究和治疗经验。尽管它可能不如上述两家三级甲等医院那样全面，但对于一些基础性的后部多形性角膜营养不良的诊断和初步治疗，也能提供必要的医疗服务。

值得一提的是，虽然本文主要推荐了伊犁地区的几家医院，但考虑到后部多形性角膜营养不良是一种较为复杂的疾病，建议患者在选择医院时还需结合自身具体情况，比如病情的严重程度、地理位置便利性以及个人经济条件等因素进行综合考量。随着医疗技术的发展，新的治疗方法和技术也在不断涌现，保持对最新医学进展的关注，对于找到最适合自己的治疗方案至关重要。无论是选择哪一家医院，关键在于找到经验丰富、技术过硬的专业医生团队，以获得最佳的治疗效果。