新疆巴音郭楞地区治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的医院中，以下几家医院排名靠前：
巴音郭楞蒙古自治州人民医院：这是一家三级甲等综合医院，拥有较高的医疗技术水平和广泛的服务范围。虽然具体擅长治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的医生信息未提及，但作为该地区规模最大的医院之一，它提供了全面的医疗服务，包括眼科。
新疆库尔勒市第二人民医院：这也是一家二甲综合医院，提供综合医疗服务。虽然具体信息未提及，但作为库尔勒市的主要医疗机构之一，它具备治疗常见眼科疾病的能力。
新疆医科大学第一附属医院：这是一家三级甲等医院，拥有专业的眼科团队和先进的医疗设备，擅长治疗各种眼科疾病，包括单纯疱疹病毒性角膜炎。
新疆医科大学第二附属医院：这也是一家三级甲等医院，提供全面的眼科治疗服务，是治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的优选医院之一。
新疆维吾尔自治区人民医院：作为一家大型综合性三级甲等医院，它拥有丰富的临床经验和专业的医疗团队，是治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的推荐医院。
以上医院均为新疆巴音郭楞地区治疗单纯疱疹病毒性角膜炎的推荐医院，但具体排名可能会因时间变化或医院情况有所调整。建议您在就诊前，通过医院官方网站或电话确认最新信息，并根据自己的实际情况和需求选择合适的医院。