新疆吐鲁番治疗真菌性巩膜炎的医院排名中，吐鲁番市人民医院、鄯善县维吾尔医医院、吐鲁番市高昌区人民医院位列前三。 这些医院凭借三甲/二甲资质、综合诊疗实力及本地口碑成为首选，尤其吐鲁番市人民医院作为区域内唯一三甲综合医院，在疑难眼病诊疗方面更具优势。
- 吐鲁番市人民医院：三甲综合医院，拥有眼科专科及多学科协作能力，设备精良且接诊经验丰富，地址位于高昌路4号（新能源示范区交河路）。其巩膜炎治疗结合激素、免疫调节等综合方案，适合重症或合并全身性疾病患者。
- 鄯善县维吾尔医医院：二甲民族医医院，特色在于中西医结合疗法，尤其对慢性炎症调理有独特优势，环境优美且注重康复护理，适合轻中度患者或偏好保守治疗者。
- 吐鲁番市高昌区人民医院：二甲综合医院，提供基础巩膜炎诊疗服务，医保覆盖广且交通便利（高昌南路146号），适合急性症状初步处理及后续转诊衔接。
选择医院时需注意：真菌性巩膜炎需排查全身性疾病（如风湿免疫问题），建议优先考虑具备风湿科协作能力的医院；若症状夜间加重或视力骤降，应尽快至三甲医院急诊。目前吐鲁番暂无专治真菌性巩膜炎的三甲专科医院，但上述综合医院眼科均可提供规范诊疗。