南京新型农村合作医疗的报销比例如下：

1. 住院治疗 ：

• 乡村两级医疗机构 ：55%

• 县一级医院 ：45%

• 市一级医院 ：

• 500元以下：40%

• 500元（不含）-10000元：50%

• 10000元（不含）以上：40%

2. 门诊治疗 ：

• 乡村两级医疗机构 ：30%

• 镇卫生院 ：

• 300元以下：30%

• 300元（不含）-2000元：70%

• 2000元（不含）以上：50%

• 县级定点医疗机构 ：

• 500元以下：25%

• 500元（不含）-10000元：65%

• 10000元（不含）以上：50%

• 二级医院 ：

• 500元以下：25%

• 500元（不含）-10000元：55%

• 10000元（不含）以上：50%

• 三级医院 ：

• 1000元以下：20%

• 1000元（不含）-10000元：45%

• 10000元（不含）以上：40%

3. 大病医疗 ：

• 镇级合作医疗住院及特定大病门诊 ：补偿年限额1.1万元

• 特殊病种 ：如恶性肿瘤化疗、放疗，重症尿毒症的血透和腹透等，具体以当地政策为准

4. 起付线 ：

• 市外医院 ：600元

• 市区二甲医院 ：400元

• 市内其它定点医院 ：100元

5. 补偿比例 ：

• 二甲医院 ：起付线以上的医疗费用按75%补偿

• 定点医院 ：起付线以上的医疗费用按90%补偿

建议：

• 具体报销比例可能会因时间、政策调整或医院等级的不同而有所变化，建议在需要时咨询当地医保部门或相关医疗机构以获取最新信息。

• 大病医疗的报销比例和限额也可能会有所不同，建议详细了解当地政策。