关于南京医保两个月未扣费的原因，可能涉及以下情况，需结合具体情况分析处理：

一、个人缴费原因

1. 缴费未到账

   若缴费日已过但医保未扣款，可能是银行账户余额不足、银行系统延迟或缴费渠道故障导致。建议检查银行流水或联系银行确认缴费是否成功。

2. 连续三个月未缴费

   南京医保规定，连续三个月未缴费会导致医保关系中断。即使后续补缴，需重新确认缴费基数和待遇享受时间（通常需2个月等待期）。

二、单位缴费原因

1. 单位未缴费

   若属于职工医保，可能是单位未按时履行缴费义务。需联系单位人事部门或医保专管员核查工资条、缴费记录，督促其补缴。

三、其他特殊情况

1. 失业保险金领取

   失业人员申领失业保险金后，个人无需缴纳医保费，由单位代缴。若已申领但未缴费，需咨询单位是否因政策调整暂停代缴。

2. 系统或政策变动

   少数情况下，可能是医保系统故障或政策调整导致扣款失败。建议联系当地社保局或单位会计核实最新扣款规则。

建议处理步骤

1. 核对缴费记录

   通过南京本地宝等平台查询缴费状态，确认是否因漏缴导致中断。

2. 联系单位处理

   若单位未缴费，需要求其限期补缴并恢复代扣。

3. 关注补缴时效

   南京医保允许补缴，但需在欠费后2个月内完成补缴，否则可能影响待遇享受。

若以上方法无效，建议携带身份证、社保卡到参保社保局办理补缴手续。