南通市灵活就业人员缴纳医疗保险可以通过多种方式进行，以下是主要的缴费方式：
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线上缴费：
- 微信小程序：搜索“江苏税务社保缴纳”小程序进行缴纳。
- 支付宝小程序：同样可以使用“江苏税务社保缴纳”小程序完成缴费。
- “苏服办”APP：首页点击“社保、医保业务一站式办理”专区或“社保医保—掌上缴费”模块进行缴纳。需要注意的是，线上小程序每日22:00至24:00无法缴费，请合理规划缴费时间。
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线下缴费：
- 银行柜面缴费：携带身份证或社保卡到税务部门指定的银行网点选档、缴费。
- 银行代扣：签订委托扣款协议后，只需保证集中缴费期间扣款账户余额足额可扣即可。
- 自助缴费机（小黄机）：居民可以使用自助缴费机通过读写身份证（或社保卡）或者输入姓名、身份证号码自助查询城乡居民医疗参保信息，并完成缴费。
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其他方式：
- 使用云闪付APP中的“江苏社保缴费”小程序进行缴费。
- 通过银联POS机在劳动保障服务所（站）进行缴费。
- 在某些地区还可以选择卡扣方式缴纳医保费用，需要事先与银行签订相关协议。
具体的缴费金额和流程可能会根据当年的政策有所调整，因此建议在实际操作前咨询当地的社会保险机构或访问官方网站获取最新的指导信息。为了确保顺利缴费，应提前了解自己的社保登记信息是否准确无误，并按照规定的缴费时间和渠道完成缴费。