在科目三考试中，二档起步会直接扣100分，并且会导致考试判定为不合格。根据多个来源的信息，无论在何种情况下，起步都必须使用一档。这种严格的规定是为了确保驾驶操作的安全性和规范性。

在科目三的考试过程中，如果考生选择二档进行起步，将被视为严重违规行为。这是因为一档设计的最大扭矩和功率更适合启动静止不动的车辆。而二档由于其较低的扭矩输出，通常不足以应对从静止到运动所需的推力，这可能导致车辆无法顺利启动或者需要大幅度增加油门来弥补动力不足，从而造成发动机转速过高，离合器过度磨损等问题。

使用二档起步不仅违反了考试规则，还会对汽车本身造成损害。例如，它会加剧离合器片的磨损，因为在这种情况下驾驶员往往需要保持半离合状态以避免熄火，而这会导致离合器片承受异常高的压力和温度。同时，由于频繁处于半离合状态，燃油消耗也会增加，因为很多燃油被用于维持发动机运转而非推动车辆前进。长期以往，这样的操作习惯还可能导致发动机积碳增多、敲缸等机械故障的发生。

除了上述提到的扣分情况外，还有其他多种情形同样会导致科目三考试中的直接不合格或扣分。例如，制动气压不足起步、车门未完全关闭起步、启动发动机时变速器操纵杆未置于空挡等情况都会导致直接不合格。而像不松开驻车制动器起步但及时纠正、发动机启动后不及时松开启动开关这样的小失误，则会被扣除相应的分数（如10分）。

在科目三考试中，正确的一档起步不仅是获取高分的关键，也是保障行车安全的重要环节之一。因此，无论是为了通过考试还是出于日常驾驶的安全考虑，都应该遵循正确的起步程序，即始终采用一档进行起步操作。这样不仅能保证考试顺利通过，更能有效延长汽车使用寿命，减少不必要的维修成本。