农村合作医疗（新农合）在基层卫生院的报销政策如下：
一、门诊报销
- 报销比例
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在村卫生室及村中心卫生室就诊可报销 60% ，每次就诊处方药费限额10元，临时补液处方药费限额50元。
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在乡（镇）卫生院就诊可报销 40% ，门诊检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
- 起付标准
- 不同地区可能有所差异，但普遍存在300元起付线，超过部分方可报销。
二、住院报销
- 报销比例
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在镇卫生院住院可报销 60% ；
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在二级医院住院报销 40% ；
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在三级医院住院报销 30% 。
- 起付标准与封顶线
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通常设500元起付线，超过部分按比例报销；
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住院费用存在封顶线（如1.5万元或2万元），超出部分需自费。
三、其他注意事项
- 报销流程
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门诊费用由定点医疗机构直接减免后，剩余部分由患者现金结算；
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住院费用需先预交押金，出院时结算自付部分，补偿部分由医院垫付。
- 特殊病种与门诊补偿
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部分地区对特殊病种门诊提供额外补偿，需提交相关审批材料；
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门诊慢性病需通过乡镇合管办审核后，按年度限额报销。
- 地区差异
- 具体报销比例可能因地区政策不同存在细微差异，建议参保前咨询当地医保部门。
综上，农村合作医疗在基层卫生院的报销政策明确，门诊和住院费用均可获得一定比例的报销，但需注意起付线、封顶线及报销流程等细节。