南京灵活就业社保和职工社保的主要区别体现在以下几个方面：
- 缴费比例不同 ：
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城镇职工养老保险 ：在职职工缴费比例为8%，灵活就业缴费比例为20%。同样缴费基数4000元的情况下，在职职工需缴纳800元（其中320元进入个人账户，480元进入统筹账户），而灵活就业人员需缴纳800元（其中120元进入个人账户，680元进入统筹账户）。
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城镇职工医疗保险 ：在职人员缴费比例为2%，灵活就业缴费比例一般为5.6%-11%。以缴费基数4000元为例，在职人员每月需缴纳80元，而灵活就业人员需缴纳40-88元（具体比例取决于当地政策）。
- 险种不同 ：
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职工社保 ：包括养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险和工伤保险，即五险。
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灵活就业社保 ：主要包括养老保险和医疗保险，部分城市还可以选择参加失业保险。
- 缴费主体不同 ：
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职工社保 ：由用人单位和个人共同缴纳，其中单位缴纳大部分费用，个人缴纳小部分费用。
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灵活就业社保 ：所有费用均由个人全额承担。
- 户籍限制 ：
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灵活就业社保 ：通常需要具有当地户籍或在当地长期居住。
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职工社保 ：没有户籍限制，只要与用人单位存在劳动关系即可参保。
- 养老金计算方式 ：
- 灵活就业社保 和 职工社保 的养老金计算方式相同，均基于缴费年限、缴费基数和当地平均工资等因素。
- 退休年龄 ：
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灵活就业社保 ：男性满60周岁，女性满55周岁（部分情况下，如在原公有制企事业单位参保缴费满10年且灵活就业2年以上的女性参保人员，可以在50-55周岁之间办理退休手续）。
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职工社保 ：男性满60周岁，女性根据具体工种和参保情况可能提前至55周岁或50周岁退休。
- 税费抵扣差异 ：
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灵活就业社保 ：只能用于抵扣个人所得税。
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职工社保 ：不仅能抵扣个人所得税，还能作为企业的成本项抵扣企业所得税。
综上所述，南京灵活就业社保和职工社保在缴费比例、险种、缴费主体、户籍限制、养老金计算方式、退休年龄和税费抵扣等方面存在明显差异。建议根据个人实际情况和需求选择合适的社保参保方式。