根据相关规定和搜索结果，第二代社保卡中的医保个人账户余额在换领第三代社保卡时会自动转移，具体流程和注意事项如下：
一、医保账户余额转移规则
- 自动转移
持有第二代社保卡的群众换领第三代社保卡并启用医保功能后，原卡内的医保个人账户余额会自动转入新卡。
- 金融账户处理
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若在原合作银行换发第三代社保卡，需先注销原卡的金融账户，新卡启用后金融账户将自动保留。
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若更换银行，需携带身份证及原社保卡到合作银行办理，新卡启用后原卡金融账户将自动注销。
二、操作流程与注意事项
- 办理材料
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携带本人有效身份证件及二代社保卡至原发卡银行或合作银行。
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部分城市（如安徽）需额外提供户口簿或居住证。
- 激活使用
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新卡需激活人社功能后方可使用，医保账户余额会同步转移。
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原二代卡在功能启用后自动作废，建议及时办理销户手续。
- 特殊情况处理
- 若因系统延迟导致余额未转移，可携带身份证到社保局咨询办理。
三、其他说明
- 第三代社保卡功能
除医保功能外，第三代社保卡还支持公交乘车、医院门诊挂号、药房购药等场景应用，未来将扩展至更多领域。
- 非本人办理
部分城市允许委托他人代办，需提供代办人身份证及双方授权委托书。
综上，换领第三代社保卡后，二代卡的医保账户余额会自动转移，无需手动操作，但需注意金融账户的处理方式。