根据南京市农保（新农合）报销政策，12000元住院费的报销情况如下：
一、报销比例分段
- 一级医院
起付线0元，补偿费用≤6000元报销65%，>6000元报销80%。
- 二级医院
县级二级医院起付线400元，≤6000元报销65%，>6000元报销80%；市二级医院起付线600元，≤6000元报销65%，>6000元报销80%。
- 三级医院
县级三级医院起付线600元，≤12000元报销65%，>12000元报销75%；市三级医院起付线800元，≤12000元报销65%，>12000元报销75%。
二、12000元住院费的报销计算
- 县级三级医院
- 起付线600元，剩余11400元可报销：
$$11400 \times 65% = 7410 \text{元}$$
- 因为总费用12000元未超过12000元的分段上限，无需考虑更高比例。
- 市三级医院
- 起付线800元，剩余11200元可报销：
$$11200 \times 65% = 7280 \text{元}$$
- 同样未超过12000元的分段上限。
三、其他注意事项
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起付线 ：不同级别医院起付线不同，需先扣除起付线后计算报销比例。
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分段标准 ：超过起付线后，医疗费用按分段比例报销，例如市三级医院12000元内按65%报销。
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最高报销限额 ：部分政策对单次住院报销设有上限（如南京市镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元）。
综上，12000元住院费在县级三级医院可报销7410元，在市三级医院可报销7280元。具体金额需结合实际医疗费用和医院级别计算。