灵活就业医保不能报销的原因主要有以下几点：
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个人账户缺失 ：灵活就业人员的医保卡没有个人账户，而职工医保有个人账户，并且每个月会返钱到医保卡账户上。由于灵活就业人员没有个人账户，因此无法像职工医保那样在药店买药进行报销。
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缴费方式不同 ：灵活就业人员需要自己全额缴纳医保费用，而职工医保是由单位和个人共同缴纳。个人灵活就业者无法享受单位为其缴纳的医保，也无法自己缴纳医保，因此需要自己负担医疗费用。
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住院报销为主 ：灵活就业人员的医保主要是住院报销，门诊看病和药店买药的费用无法享受报销待遇。这与农村医保类似，只能在医院看病并顺带买药报销。
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缴费连续性要求 ：灵活就业人员的医保需要连续足额缴纳，一旦断缴就会影响报销。例如，断缴1个月就会暂停支付医保待遇，需要补齐断缴月份并足额缴纳当月费用后，中断当月和次月的医疗费用才能正常报销。
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医保目录限制 ：医保报销严格限定在药品、诊疗项目、服务设施三大目录内。非医保目录的项目，如美容、保健品等，需要自费。
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非定点机构就医 ：灵活就业者常因工作流动性大，临时去小诊所或私立医院，但这些机构若非医保定点，费用需自担。
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其他限制 ：灵活就业者在门诊报销时，若未选择定点的基层医疗卫生机构或门诊费用超过普通门诊统筹设定的最高支付额度，超出部分的费用也无法获得报销。
综上所述，灵活就业医保在报销方面存在诸多限制，主要原因是缺乏个人账户、缴费方式不同、住院报销为主、缴费连续性要求高、医保目录限制、非定点机构就医以及其他报销限制。建议灵活就业人员在选择医保时，充分了解相关政策，并根据自身需求选择合适的保险计划。