深圳灵活就业医疗一档和二档的区别主要体现在以下几个方面：
- 缴费标准 ：
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一档 ：灵活就业人员参加一档医疗保险，每月缴费为1370元，其中135元返还到个人医疗账户，实际支出比二档略低。
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二档 ：每月最低保费为1280元，没有个人返还部分。
- 医保待遇 ：
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一档 ：
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有个人账户，可以在所有定点医疗或社康直接刷社保卡结算。
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可以在12个月内申请报销异地门诊费用。
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普通门诊待遇较好，个人账户用于支付普通门诊医保目录范围内的医疗费用，社康中心的基本医疗费用70%由个人账户支付，30%由统筹基金支付。
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二档 ：
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没有个人账户，只能在绑定的医院或社康刷社保卡结算，不能报销异地门诊费用。
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普通门诊待遇较差，甲类药品和乙类药品分别由社区门诊统筹基金按80%和60%的比例支付，单项诊疗或医用材料由社区门诊统筹基金支付90%，最高支付金额不超过120元，每个医疗保险年度总额不超过1000元。
- 参保条件 ：
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一档 ：适用于所有港澳台灵活就业人员，长期在深圳居住并在深圳已办理居住证的人员。
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二档 ：适用于港澳台就业人员在深圳企业单位工作的参保人。
- 其他待遇 ：
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一档 ：
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门诊额度和方便就诊方面更好，所有定点医疗机构均可直接刷卡结算。
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住院待遇较好，普通门诊费用、大病门诊费用和住院费用都可按规定报销。
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二档 ：
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住院待遇也不错，普通门诊费用不予报销，但符合规定的大病门诊费用和住院费用可按规定报销。
深圳灵活就业医疗一档在缴费金额、医保待遇和参保条件方面都比二档更有优势，尤其是个人账户的返还和异地门诊费用的报销方面。对于经济条件允许且长期在深圳居住的灵活就业人员来说，选择一档医疗保险更为划算。