可以报销，但需满足一定条件
农村医保（新农合）在深圳住院 是可以报销的 ，但需要满足一些条件：
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转诊备案手续 ：患者需要先办理转诊备案手续。这通常包括带患者身份证、两张一寸彩色照片、新农合医疗证到县合管办办理转诊备案手续，然后携带相关证件到转诊医院就医，并办理新农合住院手续。
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住院期间医保缴费状态 ：患者住院期间医保缴费状态不得断保，否则将无法刷卡结算。
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报销比例 ：
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一级医院起付线400元，报销比例90%；
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二级医院起付线800元，报销比例85%；
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三级医院起付线1600元，报销比例80%。
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直接结算 ：跨省异地就医直接结算只适合住院患者，不适合门诊患者。如果符合条件，患者可以持金融社保卡在异地进行住院直接结算。
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报销范围 ：符合新农合规定的报销范围，包括药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等。
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其他材料 ：出院后，患者需要携带身份证、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单（有的是发票形式的）、住院费用清单、转诊备案手续到合管办报销。
建议：
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在住院前，务必先办理好转诊备案手续，确保医保能够顺利报销。
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住院期间注意保持医保缴费状态，避免断保。
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了解并确认所在地区的具体报销比例和规则，以便更好地享受医保待遇。