农村合作医疗的一档和二档在多个方面存在区别，主要包括以下几点：
- 缴费比例 ：
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一档 ：缴费比例为8.2%，单位和个人分别缴纳6.2%和2%。
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二档 ：缴费比例为0.8%，单位和个人分别缴纳0.6%和0.2%。
- 适用人群 ：
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一档 ：通常适用于购买一般知名大公司上市公司等。
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二档 ：多为公司类型的单位缴纳。
- 就医原则 ：
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一档 ：参保人可以在市内任一定点医疗机构就医。
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二档 ：门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。
- 住院报销 ：
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一档 ：在实施基本药物制度的一级医院住院医疗费用按80%支付（基本药物按90%支付），在未实施基本药物制度的医院住院按60%支付；二级医院按58%支付；三级医院按45%支付。
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二档 ：在实施基本药物制度的一级医院住院医疗费用按85%支付（基本药物按90%支付），在未实施基本药物制度的医院住院按70%支付；二级医院按70%支付；三级医院按60%支付。
- 门诊报销 ：
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一档 ：连续参保12个月，年度自费超过3131元的可以报销70%；社康看门诊报30%；大型设备检查报80%。
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二档 ：每年有1000元门诊费用，需绑定社康医院，门诊大型设备检查和治疗单次最高不超过120元。
- 参保时间要求 ：
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一档 ：连续参保满一年，在同一个医保年度内自付的门诊基本医疗费用和地补医疗费用超过在岗职工平均工资的5%，超过部分由统筹基金按规定支付70%。
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二档 ：没有具体时间要求。
- 其他待遇 ：
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一档 ：住院报销比例为90%，需在定点医院办理住院。
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二档 ：住院报销比例也为90%，需在定点医院办理住院。
建议
选择农村合作医疗的一档还是二档，应根据个人和家庭的实际情况来决定。如果经济条件允许，选择一档可以获得更高的报销比例和更全面的医疗保障。如果经济条件有限，选择二档也是一个不错的选择，虽然报销比例略低，但缴费金额也相应减少，且保障范围基本相同。