纳入医保目录的药品有时不能报销的原因主要包括以下几点：
- 购药机构不合规 ：
- 只有在医保定点医院或药店购药，才能享受医保报销的待遇。在非认证医疗机构（如私人诊所或药店）购买的药品，医保无法报销，即使是在急诊情况下，医保也有特殊规定，对于所有非认证医疗机构产生的费用，医保将不予赔偿。
- 适应症和支付限制 ：
- 药品的使用必须严格按照国家药监局批准的适应症及医保支付的限制进行。国家在发布医保药品目录时，可能会对某些药物设定特定的报销限制，比如有些药物仅适用于儿童或工伤患者。如果不符合这些限定条件，即使药品在医保目录中，费用也无法得到报销。
- 超出说明书所列症状 ：
- 药品的使用必须在其批准的适应症范围内。如果药品被用于与说明书描述的适应症不符的疾病，那么即便该药品在医保目录中，医保也会拒绝理赔。
- 工伤保险与第三方责任药品费用 ：
- 工伤事故导致的医疗费用应由工伤保险基金承担，而不是基本医疗保险。在发生工伤时，参与者不得通过医保索赔与工伤相关的药物费用。
- 非以疾病诊断或治疗为目的用药 ：
- 参保人使用医保药品目录内药品发生的费用，以疾病诊断或治疗为目的，才能享受医保报销；对于不是以疾病诊断或治疗为目的药品费用，医保不予报销。
- 超出医保限定支付范围内的用药 ：
- 国家在发布医保药品目录时，会在部分药品后面增加限定支付范围，比如有些药品限儿童、限生育保险、限工伤等。参保人在不符合限定支付范围的情况时，医保不予报销。
纳入医保目录的药品不能报销的原因可能涉及购药机构、药品适应症、支付限制、工伤保险责任以及用药目的等多个方面。建议参保人员在使用医保药品时，务必确保符合相关政策和规定，以最大限度地享受医保报销待遇。