不会
医保统筹余额 不会 在年底清零。具体解释如下：
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医保统筹基金累计计算 ：医保统筹基金是累计计算的，每年对应的统筹基金支付金额有一定的上限，这个上限必须要在年内使用完，如果未使用完，到了下一年的1月1号会自动清零，但并非指整个统筹账户清零。
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个人账户与统筹账户分离 ：医保卡分为城乡居民医保和职工医保，城乡居民医保是一年一交，通常的缴费时间在9-12月，不存在清零一说，而且只享受当年的医保报销待遇。而职工医保分为统筹账户和个人账户，个人账户可以在当地定点的药店进行药品的购买，是单位和个人一起按月缴纳，如果是断缴了补缴之后只有等待期，也不会断缴。
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年度报销额度更新 ：所谓的“年底清零”纯属无稽之谈，此前已被多地医疗保障局公开辟谣。换句话说，2024年结束进入2025年后，参保人的医保统筹年度报销额度将根据2025年新的统计数据更新，进入新的自然年度进行计算。
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医保卡余额结转 ：在职的单位参保职工和灵活就业参保人员是按照工资基数（缴费基数）的2%划入医保个人账户。每到财政年度末，当年账户中的剩余资金会自动转入往年累计结余账户，并且这些资金的本金和利息始终属于个人。
综上所述，医保统筹余额不会在年底清零，资金会累计结转，直到个人不再享受医保待遇。