灵活就业社保只有养老保险的原因主要有以下几点：
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缴费成本 ：灵活就业人员需要自己承担全部社保费用，包括养老保险和医疗保险。与在职职工相比，灵活就业人员的缴费比例更高，例如养老保险个人需缴纳20%的费用，而在职职工只需缴纳8%。灵活就业人员更倾向于选择缴纳养老保险和医疗保险这两个险种，以减轻经济压力。
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保险需求 ：灵活就业人员的工作性质不稳定，收入较低，工作连续性较弱，他们更看重眼前的消费，而对于未来的保障如失业保险、工伤保险和生育保险的需求相对较低。他们更倾向于选择缴纳养老保险和医疗保险这两个险种，以确保基本的生活保障。
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政策限制 ：根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，灵活就业人员只能参加基本养老保险和基本医疗保险，不能参加失业保险、工伤保险和生育保险。这一政策限制使得灵活就业人员在选择社保险种时，只能选择养老和医疗保险。
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认知误区 ：许多灵活就业人员对社保的认知存在误区，认为社保就是指养老保险，因此在参保时只选择缴纳养老保险。这种认知误区也导致灵活就业人员在选择社保险种时，往往只选择养老和医疗保险。
灵活就业社保只有养老保险的原因主要是由于缴费成本高、保险需求、政策限制以及认知误区等多方面因素共同作用的结果。