不可以
新疆昌吉自治州的灵活就业人员仅缴纳医疗保险是不符合规定的，必须同时参加基本养老保险。根据相关政策，灵活就业人员需在参保地的社会保险经办机构办理包括医疗保险和养老保险在内的基本社会保险。
（一）政策依据
属地管理原则
灵活就业人员需在其所在地县级以上社保经办机构办理参保手续，且必须同步参加职工基本医疗保险与基本养老保险。缴费基数与比例
医疗保险缴费基数通常为自治区上年度全口径城镇单位就业人员平均工资的一定比例，费率一般为8%~10% ；而养老保险则可在平均工资基数的60%~300%之间选择缴费档次，费率为 20% 。
（二）医保报销与待遇
- 普通门诊报销比例
在定点零售药店购药时，支付比例按照二级医疗机构普通门诊的报销比例执行。
项目 | 报销比例 | 支付限额 |
|---|---|---|
一级医院 | 65% | 年度累计不超过2000元 |
二级医院 | 60% | 年度累计不超过3000元 |
三级医院 | 55% | 年度累计不超过4000元 |
- 生育医疗费用待遇
连续缴费满两年后，可享受产前检查、叶酸及生育医疗费用等报销，如顺产费用为3500元 ，助娩产费用为4000元 。
（三）特殊情况处理
失业期间医保缴费
领取失业保险金期间，可由失业保险基金代缴职工医疗保险费，确保待遇不中断。城乡居民医保替代方案
若因经济困难无法承担职工医保费用，可根据当地规定选择参加城乡居民医保，但不得重复缴费。
灵活就业人员 在昌吉自治州参保时，必须同时参加基本养老保险和医疗保险 ，仅缴纳医疗保险不符合政策要求。在缴费标准、报销比例等方面也应详细了解并合理规划，以保障自身权益。