根据国家医保政策以及新疆地区的相关规定，新疆居民医保断交三个月后再次续保，医保待遇会有一定影响，具体如下：

1. 等待期的设定

根据《关于健全基本医疗保险参保长效机制的指导意见》，居民医保断缴后重新参保时，通常需要经过一段“医保等待期”。等待期的长度一般为 90天，部分地区可能略有不同。在等待期内，参保人无法享受医保报销待遇。

2. 等待期的影响

• 医疗费用无法报销：等待期内发生的医疗费用，医保不予报销。
• 连续缴费年限清零：中断缴费后再续保，连续缴费年限会重新计算，可能会影响未来医保报销比例或额度。

3. 断缴三个月后的处理建议

• 尽快补缴：虽然补缴后医保待遇会重新生效，但中断期间的费用无法追溯报销，因此建议尽早补缴，避免因等待期影响后续就医需求。
• 按时缴费：为了避免类似情况，建议持续按时缴纳医保费用，确保医保待遇的连续性和完整性。

4. 特殊情况与咨询

新疆地区的医保政策可能因地方规定有所不同，建议您直接联系 当地医保局 或 拨打医保服务热线，咨询具体的补缴流程和等待期细节。

如需进一步了解，您可以参考以下来源：

• 澎湃新闻关于医保等待期的解读。
• 百度法律咨询关于医保断缴补缴影响的具体说明。

希望以上信息对您有所帮助！