低保户住院不能全额报销的原因主要有以下几点：
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非医保定点医疗机构的费用 ：低保户如果选择在非医保定点医疗机构就医，那么相关费用将不在医疗救助范围之内。
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医保用药和医疗服务目录外的费用 ：即使是在医保定点医疗机构，低保户也需要自己承担医保用药和医疗服务目录外的费用。
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特定情形下的费用 ：因违法违规所致的伤害、有第三者赔偿责任的交通事故、医疗事故等情形所产生的费用，需要由相关责任方承担，不属于医疗救助范围。
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未参加医疗保险 ：如果低保户没有参加基本医疗保险（如城镇医保或新农合），那么他们无法享受医保报销，也就无法进行医疗救助。
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需先全额交费参保 ：低保户必须先全额缴纳参保金，待确定人数后再将定额资助参保资金打入个人账户。这意味着在住院治疗时，低保户需要先自行支付所有费用，然后再通过医疗救助进行报销。
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二次报销的限制 ：即使低保户已经通过医保报销了一部分费用，他们还可以申请二次报销，但二次报销通常有封顶线，且需要先扣除个人自付部分。
低保户住院不能全额报销的原因主要是非医保定点医疗机构的费用、医保用药和医疗服务目录外的费用、特定情形下的费用、未参加医疗保险以及二次报销的限制等因素。为了确保能够享受医疗救助，低保户需要选择正规医保定点医疗机构就医，并注意用药和服务的选择。