根据安徽省医保局的规定，安徽新农合参保人在上海住院的报销比例和流程如下：

1. 报销比例

• 急诊抢救或已办理转诊手续的人员：住院费用报销比例为 60%。
• 未办理转诊手续的临时外出就医人员：报销比例降低10个百分点，为 50%。

2. 起付线

住院起付线按当次住院总费用的 20% 计算，但最低不少于 2000元，最高不超过 1万元。

3. 异地就医备案流程

• 备案要求：参保人需在出院前完成异地就医备案。如果来不及办理直接结算，可选择将单据带回参保地手工报销。
• 长期居住人员：如长期居住在上海，需在参保地医保经办机构办理异地长期居住备案，之后可直接在上海的定点医疗机构看病并报销，无需再办理转诊手续。

4. 其他注意事项

• 如果未办理异地就医备案，报销比例会降低，建议提前拨打异地就医备案电话完成相关手续。
• 具体报销范围包括符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的医疗费用。

安徽新农合参保人在上海住院的报销比例根据是否办理转诊手续有所不同，急诊抢救或已办理转诊手续的人员可享受60%的报销比例，而未办理转诊手续的人员比例为50%。异地就医备案是确保顺利报销的重要环节，建议提前完成相关手续。