在西藏山南地区，治疗小儿疱疹性角膜结膜炎较好的医院主要有以下几家：
西藏自治区人民医院
- 医院等级：三甲综合
- 特色：西藏自治区人民医院是西藏地区规模最大的三级甲等综合型公立医院，眼科综合实力强，可处理复杂眼表疾病，且依托高山病研究所对高原性眼疾经验丰富。
- 专家推荐：
- 吴红主任医师，擅长小儿支气管炎、支气管肺炎、慢性咳嗽、过敏性咳嗽、过敏性鼻炎、手足口病、脑瘫、小儿肺炎、幼儿急疹、婴儿脐疝、婴儿湿疹、小儿中耳炎、小儿疝气、先天性胆道闭锁、新生儿黄疸、小儿心肌炎、小儿荨麻疹等多种疾病的诊治。
- 益西央宗主任医师，擅长小儿呼吸、消化、中枢神经等感染性疾病、高原性疾病的诊治。
- 德吉梅朵副主任医师，对新生儿疾病、小儿呼吸、消化、高原性疾病、营养、急救等疾病的诊断和治疗有着丰富的临床经验。
- 扇敏娜副主任医师，对小儿呼吸、消化、中枢神经等感染性疾病，有着丰富的临床经验。
山南爱尔眼科医院
- 医院等级：专项光明工程合作机构
- 特色：专注眼科诊疗，设备先进，尤其擅长红眼病等常见眼表问题，且参与“光明工程”项目，为农牧民提供白内障、翼状胬肉等眼病补贴。
隆子县人民医院
- 医院等级：二级专科
- 特色：眼科管理理念超前，拥有泪道手术等专项技术，适合山南本地居民就近就医，且服务口碑良好。
西藏自治区人民医院在小儿疱疹性角膜结膜炎的治疗方面拥有丰富的经验和先进的医疗设备，是西藏地区治疗此类疾病的优选医院。建议您根据孩子的具体情况和医院的实际情况选择合适的医院进行治疗。