医保和合作医疗不是完全同一个意思，但存在一定联系和区别：
联系
目的一致 ：都是为了减轻居民的医疗费用负担，提高医疗保障水平，保障居民的基本医疗需求，属于我国医疗保障体系的重要组成部分。
资金筹集方式类似 ：都主要来源于个人缴费和政府补贴，个人缴纳一定费用，政府也会给予相应补贴，以提高保障能力和水平。
区别
概念不同
医保 ：通常指基本医疗保险，包括职工基本医疗保险和居民基本医疗保险。职工医保主要面向就业人员，由用人单位和个人共同缴费；居民医保主要面向非就业人员，如学生、儿童、老年人等，由个人缴费和政府补贴共同筹集资金。
合作医疗 ：全称是新型农村合作医疗，主要针对农村居民，以大病统筹为主，同时兼顾门诊统筹和住院统筹，个人缴费标准相对较低，政府补贴也相对较少。
保障水平不同
医保 ：职工医保的保障水平相对较高，报销比例、封顶线等通常高于居民医保和合作医疗，且有个人账户可用于支付门诊费用等。
合作医疗 ：主要侧重于大病保障，报销比例相对较低，门诊费用报销范围和额度相对有限。
缴费标准不同
医保 ：职工医保由用人单位和个人共同缴费，缴费基数和比例相对较高；居民医保的个人缴费标准也相对较高。
合作医疗 ：个人缴费标准相对较低，政府补贴也相对较少。
覆盖人群不同
医保 ：职工医保主要覆盖就业人员，居民医保主要覆盖非就业人员，如学生、儿童、老年人等。
合作医疗 ：主要针对农村居民。
管理体制不同
医保 ：由医保部门统一管理和经办。
合作医疗 ：由卫生部门管理和经办。