农村合作医疗医保余额的问题需要根据具体情况来分析，以下是相关政策和查询方式的详细介绍：
个人账户余额
过去有个人账户时：在新农合个人账户未被取消前，个人账户的余额是存在的，并且可以用于支付门诊费用以及住院自费部分等。如果当年没有使用完，余额一般会结转到下一年继续使用。
取消个人账户后：从2022年开始，全国所有的省市新农合账户中不再有个人账户，只剩下社会统筹账户。也就不再存在个人账户余额这一说法了，所以现在医保卡上是没有余额的。
社会统筹账户
未使用过医保：若您从未使用过医保报销或政府补贴，社会统筹账户里的钱虽然是以您的名义缴纳的，但因为还没有用于支付医疗费用，所以在医保卡上不会显示有余额。
已使用过医保：若您曾用医保卡进行过医疗报销或享受过政府补贴，那么社会统筹账户中的钱会被用来支付这些费用，支付后剩余的部分依然会计入该账户。
余额查询方式
电话查询：可拔打医保服务热线12333进行咨询。
网上查询：登录当地社保局官网，注册并输入个人信息后查询余额。
银行柜台查询：若医保卡是与银行联名的，可携带医保卡和身份证到银行柜台查询余额。
社保中心查询：可前往当地社保中心，通过自助服务机或向窗口工作人员咨询来查询余额。
手机APP查询：可通过国家医保服务平台APP等官方渠道查询医保账户余额。