新农合，即新型农村合作医疗，是一种由政府组织、引导和支持，农民自愿参加，以个人筹资为主，政府给予一定补贴的医疗保障制度。新农合的报销流程和方式在不同地区可能存在差异，但总体上，新农合的报销是可以通过医保局进行的。
直接报销
区内乡镇级普通门诊定点医疗机构：在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构就诊时，参保患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，直接刷卡报销。
区内及区外市内定点医疗机构住院：在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时可直接刷卡报销。
手工报销
市外2级及2级以上公立医院住院治疗：对于在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属携带相关材料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销：对于特殊病种门诊报销，参保患者需持2级及2级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列。
医保局的作用
报销申请：对于一些特殊情况，如异地就医等，参保人需要携带相关的医疗凭证和资料，向当地的新农合管理部门或医保局提出报销申请。
手工零星报销业务办理：对于因各种原因不能直接在就医地直接结算的参保人，需提供发票、费用清单、出院小结、门诊病历、患者身份证复印件、社保卡或农补存折等材料，到当地医保局或新农合经办机构进行手工零星报销业务办理。
综上，新农合可以在医保局报销，具体情况要根据实际就医情况和当地政策来判断。