西藏昌都治疗非典型分枝杆菌性巩膜炎比较好的医院目前没有具体数据，但可以推荐以下几家在西藏治疗分枝杆菌病方面排名靠前的医院供参考：

1. 西藏自治区人民医院：

   • 医院等级：三级甲等
   • 医院类型：综合医院
   • 上榜理由：西藏自治区人民医院是西藏地区规模最大的三级甲等综合型公立医院，是西藏自治区疑难重症诊治指导中心、“大病不出藏”兜底医院，也是西藏医学人才培养和高原病研究的核心基地。
   • 推荐医生：石荔，主任医师，感染科，擅长阿米巴肠病、毒血症、肺结核、菌血症等疾病的诊治。

2. 中国人民解放军西藏军区总医院：

   • 医院等级：三级甲等
   • 医院类型：综合医院
   • 上榜理由：中国人民解放军西藏军区总医院是三级甲等医院，院长是兼任西藏军区副司令员的李素芝。医院前身是川东军区直属医院，有着悠久的历史和丰富的医疗经验。
   • 推荐医生：魏乾奇，主治医师，感染病科，擅长结核病，艾滋病，感染发热疾病等传染病的诊治。

3. 林芝市人民医院：

   • 医院等级：三级甲等
   • 医院类型：综合医院
   • 上榜理由：林芝市人民医院是集医疗、预防、保健、康复、急救、科研、教学为一体的综合性国家三级甲等医院，拥有先进的医疗设备和专业的医疗团队。
   • 推荐医生：吴真真，主治医师，感染内科，擅长肝炎，结核病，艾滋病等传染内科常见疾病的诊治。

其他推荐

• 昌都市人民医院：作为西藏昌都市的一家重要医院，近年来在医疗援藏政策的支持下，医疗水平有了显著提升，基本实现了“中病不出市”的目标。

• 西藏自治区藏医院：作为全国首家以藏医药为主的集医疗、科研、教学、预防、保健和藏药制剂生产于一体的三级甲等藏医医院，西藏自治区藏医院在藏医药治疗方面有着独特的优势和丰富的经验。

以上医院和医生仅供参考，具体选择还需根据患者的具体情况和需求来决定。建议患者在就医前进行详细的咨询和了解，以便做出最佳的就医决策。