以下是北京治疗男科最好的中医院排名：
- 中国中医科学院西苑医院 男科
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地址 ：北京市海淀区西苑操场1号
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特点 ：较早成立的男科专科之一，应用中医和中西医结合治疗多种男科疾病，如前列腺炎、良性前列腺增生、男性不育症、男性性功能障碍等。
- 中国中医科学院广安门医院 男科
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地址 ：北京市西城区北线阁5号
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特点 ：国内最早开展中西医结合男科工作的单位，擅长治疗性功能障碍、男性不育症、前列腺疾病等。
- 北京中医医院 男科
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地址 ：北京市东城区美术馆后街23号
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特点 ：可开展前列腺疾病、男性性功能障碍、男性不育症等男性疾病的诊断和治疗，并积极筹划开展男性勃起功能检测、男性阴茎敏感度检测等诊断项目。
- 北京中医药大学东直门医院
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地址 ：北京市东城区海运仓5号
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特点 ：集医疗、教学、科研为一体的综合性中医院，中医学领域具有很高声誉。
- 首都医科大学附属北京安贞医院男科
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地址 ：北京市朝阳区安贞西里四区23号楼
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特点 ：以治疗心肺血管疾病为重点的三级甲等综合性医院，男科疾病治疗设施完善，经验丰富。
- 首都医科大学附属北京朝阳医院男科
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地址 ：北京市朝阳区工体北路4号院1号楼
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特点 ：三级甲等医院，拥有先进的医疗设备，男科疾病医疗储备人员丰富。
- 北京大学第一医院男科
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地址 ：北京市西城区西什库大街8号
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特点 ：医疗储备人员丰富，对男科疾病有独到见解和优势。
- 清华大学玉泉医院男科
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地址 ：北京市石景山区石景山路5号院
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特点 ：二级甲等综合性医院，建立了完整的神经外科学科体系，男科疾病治疗方面有一定优势。
- 北京协和医院 男科
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地址 ：北京市东城区帅府园一号
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特点 ：全国医院综合实力排行榜第1名，男科疾病治疗设施完善，经验丰富。
- 北京国华中医医院
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地址 ：北京市大兴区兴丰大街二段18号
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特点 ：在性病诊疗领域以深厚的中医底蕴和现代化的诊疗技术赢得患者信赖，中西医结合疗效显著。
这些医院在男科疾病治疗方面都有各自的优势和特点，建议根据具体病情和需求选择合适的医院进行就诊。