全国胃肠医院排名如下：
- 四川大学华西医院
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复旦排名 ：全国胃肠外科第3名
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上榜理由 ：四川大学华西医院胃肠外科复旦专科榜全国第3名。
- 华中科技大学同济医学院附属同济医院
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复旦排名 ：全国胃肠外科第6名
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上榜理由 ：华中科技大学同济医学院附属同济医院胃肠外科复旦专科榜全国第6名。
- 上海交通大学医学院附属仁济医院
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复旦排名 ：全国消化内科第1名
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上榜理由 ：上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科复旦专科榜全国第1名。
- 北京协和医院
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复旦排名 ：全国消化内科第2名
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上榜理由 ：北京协和医院消化内科复旦专科榜全国第2名。
- 首都医科大学附属北京友谊医院
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复旦排名 ：全国消化内科第3名
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上榜理由 ：首都医科大学附属北京友谊医院消化内科复旦专科榜全国第3名。
- 北京大学第一医院
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复旦排名 ：全国消化内科第4名
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上榜理由 ：北京大学第一医院消化内科复旦专科榜全国第4名。
- 海军军医大学第一附属医院（长海医院）
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复旦排名 ：全国消化内科第5名
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上榜理由 ：海军军医大学第一附属医院（长海医院）消化内科复旦专科榜全国第5名。
- 中国医学科学院北京协和医院
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复旦排名 ：全国消化内科第6名
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上榜理由 ：中国医学科学院北京协和医院消化内科复旦专科榜全国第6名。
- 南京医科大学第一附属医院
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复旦排名 ：全国消化内科第7名
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上榜理由 ：南京医科大学第一附属医院消化内科复旦专科榜全国第7名。
- 南京鼓楼医院
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复旦排名 ：全国消化内科第8名
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上榜理由 ：南京鼓楼医院消化内科复旦专科榜全国第8名。
这些医院在胃肠疾病治疗方面具有较高的声誉和专业水平，建议根据具体病情和地理位置选择合适的医院进行就诊。